| 編號 | 保 護 區(qū) 名 稱 | 所在地區(qū) |
| 1501 | 黃河鄂爾多斯段黃河鯰國家級水產種質資源保護區(qū) | 內蒙古 自治區(qū) |
| 1502 | 額爾古納河根河段哲羅魚國家級水產種質資源保護區(qū) | 內蒙古 自治區(qū) |
| 2201 | 密江河大麻哈魚國家級水產種質資源保護區(qū) | 吉林省 |
| 2202 | 鴨綠江集安段石川氏哲羅魚國家級水產種質資源保護區(qū) | 吉林省 |
| 2203 | 嫩江大安段烏蘇里擬鲿國家級水產種質資源保護區(qū) | 吉林省 |
| 2301 | 黑龍江蘿北段烏蘇里白鮭國家級水產種質資源保護區(qū) | 黑龍江省 |
| 2302 | 盤古河細鱗魚江鱈國家級水產種質資源保護區(qū) | 黑龍江省 |
| 3201 | 海州灣中國對蝦國家級水產種質資源保護區(qū) | 江蘇省 |
| 3202 | 太湖銀魚翹嘴紅鲌秀麗白蝦國家級水產種質資源保護區(qū) | 江蘇省 |
| 3203 | 洪澤湖青蝦河蜆國家級水產種質資源保護區(qū) | 江蘇省 |
| 3204 | 陽澄湖中華絨螯蟹國家級水產種質資源保護區(qū) | 江蘇省 |
| 3205 | 長江靖江段中華絨螯蟹鱖魚國家級水產種質資源保護區(qū) | 江蘇省 |
| 3206 | 蔣家沙竹根沙泥螺文蛤國家級水產種質資源保護區(qū) | 江蘇省 |
| 3501 | 官井洋大黃魚國家級水產種質資源保護區(qū) | 福建省 |
| 3601 | 鄱陽湖鱖魚翹嘴紅鲌國家級水產種質資源保護區(qū) | 江西省 |
| 編號 | 保 護 區(qū) 名 稱 | 所在地區(qū) |
| 3701 | 崆峒列島刺參國家級水產種質資源保護區(qū) | 山東省 |
| 3702 | 南四湖烏鱧青蝦國家級水產種質資源保護區(qū) | 山東省 |
| 3703 | 長島皺紋盤鮑光棘球海膽國家級水產種質資源保護區(qū) | 山東省 |
| 3704 | 海州灣大竹蟶國家級水產種質資源保護區(qū) | 山東省 |
| 3705 | 萊州灣單環(huán)刺螠近江牡蠣國家級水產種質資源保護區(qū) | 山東省 |
| 3706 | 靖海灣松江鱸魚國家級水產種質資源保護區(qū) | 山東省 |
| 4101 | 黃河鄭州段黃河鯉國家級水產種質資源保護區(qū) | 河南省 |
| 4102 | 淇河鯽魚國家級水產種質資源保護區(qū) | 河南省 |
| 4201 | 梁子湖武昌魚國家級水產種質資源保護區(qū) | 湖北省 |
| 4202 | 西涼湖鱖魚黃顙魚國家級水產種質資源保護區(qū) | 湖北省 |
| 4301 | 東洞庭湖鯉鯽黃顙國家級水產種質資源保護區(qū) | 湖南省 |
| 4302 | 南洞庭湖銀魚三角帆蚌國家級水產種質資源保護區(qū) | 湖南省 |
| 4303 | 湘江湘潭段野鯉國家級水產種質資源保護區(qū) | 湖南省 |
| 4401 | 西江廣東魴國家級水產種質資源保護區(qū) | 廣東省 |
| 4402 | 上下川島中國龍蝦國家級水產種質資源保護區(qū) | 廣東省 |
| 4403 | 石窟河斑鳠國家級水產種質資源保護區(qū) | 廣東省 |
| 4404 | 流溪河光倒刺鲃國家級水產種質資源保護區(qū) | 廣東省 |
| 5301 | 彌苴河大理裂腹魚國家級水產種質資源自然保護區(qū) | 云南省 |
| 5302 | 南捧河四須鲃國家級水產種質資源保護區(qū) | 云南省 |
| 編號 | 保 護 區(qū) 名 稱 | 所在地區(qū) |
| 6201 | 黃河劉家峽蘭州鯰國家級水產種質資源保護區(qū) | 甘肅省 |
| 6301 | 青海湖裸鯉國家級水產種質資源保護區(qū) | 青海省 |
| 6401 | 黃河衛(wèi)寧段蘭州鯰國家級水產種質資源保護區(qū) | 寧夏回族自治區(qū) |
| 6402 | 黃河青石段大鼻吻鮈國家級水產種質資源保護區(qū) | 寧夏回族自治區(qū) |
| 0001 | 遼東灣渤海灣萊州灣國家級水產種質資源保護區(qū) | 渤海 |
| 0002 | 黃河上游特有魚類國家級水產種質資源保護區(qū) | 四川、甘肅、青海 |
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